Akademik Veri Yönetim Sistemi
Altay K. (Yürütücü), Erol U., Şahin Ö. F.
TÜBİTAK Projesi, 2023 - 2026
Anaplasma
soyundaki türler kenelerle nakledilen ve konaklarda önemli klinik
enfeksiyonlara neden olabilen patojenlerdir. Moleküler teşhis yöntemlerinin
kullanımının yaygınlaşması, Anaplasma
soyundaki türlerde genetik çeşitliliğin oldukça fazla olduğunu ortaya çıkarmış,
bu soydaki patojenlerin araştırıldığı çalışmaların sayısı artmıştır. 2012-2013
yıllarında Çin'de sağlıklı görünümlü keçilerde yeni bir Anaplasma türü tanımlanmıştır. 2015 yılında ise yeni Anaplasma türünün insanlarda klinik
enfeksiyonlara da neden olabildiğinin anlaşılmasıyla geçici olarak Anaplasma capra olarak isimlendirilmesi
önerilmiştir. A. capra’nın Çin’de ilk
kez keçilerde ve insanlarda tespit edilmesinden sonra dünyanın birçok
bölgesindeki farklı konaklarda sirküle olduğunun tespiti, etkenin global
seviyede önemli bir tür olduğunu göstermiştir. Türkiye’de ise A. capra’nın yaygınlığı ve dağılımı
hakkında Sivas iliyle sınırlı iki çalışma yapılmış ve etken sığır, koyun ve
mandalarda tespit edilmiştir. Söz konusu çalışmalar etki faktörü yüksek
dergilerde yayın haline getirilmiştir. Bunun
yanı sıra Altay vd. tarafından 2023 yılında yapılan çalışmada A. capra Türkiye’de insanlarda da tespit
edilmiştir (yayınlanmamış veri). A.
capra’nın farklı gen bölgelerinin DNA dizi analizinin yapıldığı
çalışmalarda etkenin konaklarda sirküle olan en az iki farklı genotipinin
olduğu da belirlenmiştir. Bu proje ile Türkiye’de Karadeniz Bölgesi’ndeki
farklı iklim özelliklerine sahip altı ilde denize kıyısı olan iller (Samsun, Giresun ve Trabzon) ile iç
kısımlarındaki iller (Çorum, Kastamonu ve Tokat) sığır, koyun ve
keçilerde A. capra’nın varlığı ve
yaygınlığı araştırılacak pozitif olduğu tespit edilen örneklerin tamamının gltA ve groEL gen bölgelerinin DNA sekansı ve filogenetik analizleri
yapılarak bölgede sirküle olan A. capra
genotipleri belirlenecek ayrıca A. capra’nın
teşhisinde kullanılmak üzere Taqman real-time PCR metodu, Reverse Line Blotting
probu ile Loop-Mediated Isothermal Amplification metodu geliştirilecektir.
Çalışma
kapsamında yukarıda belirtilen illerden en az bir kene mevsimi geçirmiş toplam
1381 hayvandan (sığır (n:461), koyun (n:461) ve keçi (n:459)) kan örnekleri
alınacaktır. Kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılacak ve elde edilen DNA’lar A. capra’nın gltA gen bölgelerini çoğaltan primerler kullanılarak nested-PCR ile
incelenecektir. Projede A. capra
yönünden pozitif olduğu belirlenen tüm örneklerin gltA ve groEL gen
bölgelerinin çift yönlü DNA dizi analizi yapılacaktır. Elde edilen nükleotid
dizileri Finch TV programı ile açıldıktan sonra chromotagramlar kalite skorları
yönünden değerlendirilerek Mega-11 programıyla bölgede sirküle olan A. capra genotipleri, DnaSP6
programlarıyla genotiplerin nükleotid çeşitliliği(π), haplotip
çeşitliliğiyle(Dh) haplotip sayısı(h)
gibi genetik çeşitlilik indeksleri, PopART
programı ile ise genotipler arasındaki network analizi yapılacaktır.
Proje
kapsamında A. capra’nın teşhisinde
kullanılmak üzere üç farklı moleküler teşhis metodu geliştirilecektir. Bu
amaçla A. capra’nın genotiplerini
teşhis edebilecek ve etkenin groEL
gen bölgesine spesifik Taqman real-time PCR primer ve probu, Real-time PCR (TaqMan) Primer and Probes Design Tool
ve PrimerQuest Tool programları kullanılarak, RLB probu ise A. capra’nın 16S rRNA geni V1 değişken bölgesindeki korunmuş alana spesifik
olacak şekilde geliştirilecektir. LAMP primer seti ise A. capra’nın groEL gen
bölgesine spesifik olacak şekilde PrimerExplorer V5 ve NEB®LAMP Primer Desing
Tool programları kullanılarak belirlenecektir. Proje kapsamında geliştirilecek
tüm primer ve probların GC değeri, hairpin oluşturup oluşturmadığı ve Tm
değerleri OligoAnalyzer programı kullanılarak değerlendirilecek ve en iyi
primer ve problar belirlenecektir. Geliştirilecek yöntemlerin DNA tespit
limitleri, sensitivite ve spesifiteleri de belirlenerek sonuçlar birbiriyle
karşılaştırılacaktır.
Proje ile toplanan kan örnekleri dünyada güncel bir araştırma konusu
olan A. capra yönünden moleküler
yöntemlerle incelenecek ve etkenin teşhisinde kullanılmak üzere üç farklı
moleküler teşhis metodu geliştirilecektir. Çalışma sonucunda elde edilecek
veriler değerlendirildikten sonra etki faktörü yüksek uluslararası indeksli
dergilerde yayınlanabilecektir. Ayrıca çalışma kapsamında A. capra tespit edilen bölgelerde etkenden korunmak amacıyla
yapılacak çalışmalar ile patojen kaynaklı ekonomik kaybın azaltılması ile halk
ve hayvan sağlığının korunmasına katkı sağlanabilecektir. Proje kapsamında bir
yüksek lisans öğrencisi yetiştirilecek ve Türkiye’nin yetişmiş insan gücüne de
katkı sağlanacaktır. Bu nedenlerle çalışma kapsamında üretilmesi planlanan
makaleler, etkenin teşhisine yönelik geliştirilecek moleküler metotlar, halk ve
hayvan sağlığının korunmasına yönelik yapılacak çalışmalar ile birlikte proje
süresince bir yüksek lisans öğrencisinin yetiştirilecek olması projenin yaygın
etkileri olarak değerlendirilmektedir.