Akademik Veri Yönetim Sistemi
Şahin Ö. F. (Yürütücü), Altay K., Erol U., Şakar H. F.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Diğer, 2025 - 2028
Anaplasma soyuna bağlı türler insanlar ve hayvanlarda ciddi sağlık sorunlarına yol açan patojenlerdir. Son yıllarda Anaplasma türlerinin konak sağlığı açısından önemli olduğunun ortaya konulması ile patojene olan ilgi artış göstermektedir. Buna rağmen dünya genelinde Anaplasma türlerinin yaygınlığı ve dağılımı hakkında ciddi bilgi eksiklikleri bulunmaktadır. Ayrıca Anaplasma türlerinin moleküler teşhis laboratuvarları dışında hızlı ve güvenilir tespiti ile ilişkili metotlar oldukça sınırlıdır.
Proje ile birlikte sığır Anaplasma türlerinin teşhislerinde kullanılabilecek kolorometrik LAMP paneli geliştirilmesi, geliştirilecek metot ile miks enfeksiyonların belirlenebilmesi ve LAMP metodunun rutinde kullanılabilir hale getirilmesi hedeflenmektedir.
Bu hedefler doğrultusunda sığırlarda klinik semptomlara neden olan A. marginale, A. phagocytophilum A. bovis ve A. centrale'nin rutin teşhisinde kullanılabilecek bir kolorometrik LAMP paneli geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Ayrıca her Anaplasma türüne özel olarak, örnek içinde tespit edilebilecek en düşük DNA miktarı saptanarak DNA tespit limitleri de belirlenecektir. Bunun için her Anaplasma türüne özgü LAMP primer seti dizayn edilecek ve hedef gen bölgeleri filogenetik analizler ile belirlenecektir. Dizayn edilen primerler on-line programlara yüklenerek primer setleri oluşturulacaktır. Filogenetik analizleri sonucunda farklı türleri amplifiye etmediği belirlenen primer setleri, ticari bir firmaya sentezlettirilecektir. Çalışmada tasarlanan primerler Anabilim Dalı'nda bulunan pozitif kontroller ile birlikte değerlendirilerek, yöntemin optimum çalışma şartları belirlenecektir. Optimizasyon işlemleri sırasında sahadan elde edilen ve Anabilim Dalımızda uygun koşullar altında tutulan pozitif kontrol örnekler kullanılacaktır.
Geliştirilecek LAMP panelinin saha örneklerinde uygulanabilirliğini göstermek, ayrıca metodu konvansiyonel PCR ile karşılaştırmak amacıyla Sivas ilinden sığırlardan (n: 300) kan toplanılacak ve elde edilen DNA'lar hem proje kapsamında geliştirilecek kolorometrik LAMP teşhis paneli hem de konvansiyonel PCR ile incelenecektir.
Proje sonucunda sığırlarda Anaplasma teşhisinde kullanılabilecek kolorometrik LAMP teşhis panelinin geliştirilip optimize edilerek rutin kullanıma hazır hale getirilmesiyle, gerek bu hastalıkların teşhisinde gerekse epidemiyolojik çalışmalarda kullanılabilecek yüksek duyarlıllık ve özgüllüğe sahip yeni bir teşhis metodu ortaya konulmuş olacaktır.