Sığır, koyun ve keçiler ile kenelerde riketsiyal patojenlerin moleküler yöntemlerle araştırılması ve ompA, ompB ve gltA genleri temelinde filogenetik analizi


Erol U. (Yürütücü), Kalın R., Altay K., Urhan O. F., Şahin Ö. F.

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2023 - 2025

  • Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
  • Başlama Tarihi: Ocak 2023
  • Bitiş Tarihi: Temmuz 2025

Proje Özeti

Dünyadaki en önemli vektörlerden olan keneler konaklara bakteriyel, paraziter ve viral çok sayıda patojeni nakletmektedir. Dünyada son yıllarda çevresel ve iklimsel değişiklikler nedeniyle kene kaynaklı patojenlerin önemi gün geçtikçe artmaktadır. Rickettsia soyundaki mikroorganizmalar, bilinen en eski kene kaynaklı patojenler olup bu soydaki türler konaklarda ciddi klinik semptomlara neden olabilmektedir. Türkiye iklim ve coğrafi özellikleri ile kene ve kene kaynaklı patojenlerin varlığı için uygun ortama sahiptir. Bununla birlikte Türkiye’de konaklarda Rickettsia soyundaki patojenlerin yaygınlığı, dağılımı ve patojenlerin genetik çeşitliliği hakkındaki bilgiler oldukça sınırlıdır. Bu konuda yapılan çalışmaların sınırlı bir alandan (bir il veya ilçe) elde edilen örneklerden oluştuğu görülmektedir. Bu nedenle Türkiye’de hala varlığı bildirilmeyen riketsiyal patojenlerin olduğu düşünülmektedir.

Bu çalışmada sığır, koyun ve keçilerden toplanacak kan ve kene örneklerinde Rickettsia soyundaki patojenler moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlanmaktadır. Bu amaçla; Sivas, Tokat, Giresun ve Samsun illerinden toplam 800 hayvandan (300 sığır, 300 koyun, 200 keçi) EDTA’lı kan örnekleri alınacak ve hayvanlar üzerindeki keneler toplanacaktır.  Bu örneklerden total DNA ekstraksiyonu yapılacak, DNA örneklerinde Rickettsia türlerinin varlığı ve yaygınlığı ompA, ompB ve gltA gen spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve DNA dizi analizleri ile belirlenecektir. Pozitif örneklerin aynı gen bölgelerinin dizi analizleri yapılacak ve filogenetik pozisyonları ortaya konulacaktır. Bölgede Rickettsial enfeksiyonların etiyolojisi (varlığı henüz bildirilmemiş muhtemel tür ya da suşlarla birlikte) açıklığa kavuşturulacağı gibi çalışma materyalinin temin edileceği illerin farklı coğrafi ve iklimsel özellikleri temelinde, patojenlerin; karasal ve sahil bölgelerinde dağılımına ilişkin farklılıklar da değerlendirilecektir.

Proje sonucunda keneler ile sığır, koyun ve keçilerde sirküle olan Rickettsia soyundaki patojenlerin yaygınlıkları ve dağılımları belirlenerek patojenlerin farklı gen bölgeleri temelinde filogenetik pozisyonunun ortaya konulması, tür/suş/genotiplerinin belirlenmesi ve kullanılacak metotların yüksek özgüllük ve duyarlılığı ile elde edilecek sonuçların bilimsel literatüre katkısı sunulan projenin özgün değeri yüksek hususlarıdır. Ayrıca proje sonuçları Rickettsia soyundaki patojenlerin global epidemiyolojisine katkı sağlayacağı gibi bu soydaki patojenlerin konu edileceği sonraki çalışmalara da öncülük edecektir.