Akademik Veri Yönetim Sistemi
Arslan S. (Yürütücü), Budak M., Korkmaz E. M.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2020 - 2021
2019 yılı sonunda Çin'de gözlenen yeni bir koronavirüs olan Şiddetli Akut Solunum Sendromu-2 virüsünün devam eden salgını küresel bir endişe yaratmaktadır. SARS-CoV2, diğer koronavirüslerde olduğu gibi, zarflı, pozitif yönelimli ve tek zincirli bir RNA virüsüdür. Bu virüsler yüzeylerinde bulunan spike proteini, alışılmadık derecede büyük RNA genomları ve benzersiz çoğalma stratejileri ile karakterize edilmektedirler. Genomları yapısal (spike [S], membran [M], zarf [E] ve nükleokapsid [N]), yapısal olmayan ve aksesuar genlerden meydana gelmektedir. Bazı yapısal olmayan proteinlerin fonksiyonel yapıları ve enzim aktif bölgeleri nedeniyle küçük inhibitör moleküllerin gelişimi için önemli hedeflerdir. Ancak buna rağmen, şu anda SARS-CoV2 enfeksiyonunu tedavi etmek için spesifik bir ilaç bulunmamaktadır. Yeni ilaç geliştirme sürecinin zaman alıcı olması nedeniyle, SARS-CoV2'nin tedavisinde farklı yaklaşımlar gerekmektedir. Viral replikasyon ve bunların konağın doğal bağışıklık sistemi ile etkileşimi ile ilgili çalışmalar olmasına rağmen, SARS-CoV-2 virüsü ile enfekte olmuş hastalarda, viral miRNA'ların varlığı henüz tespit edilmemiştir. Bu sebeple, RNA virüsü tarafından kodlanan miRNA'ların özelliklerini ve bunların gen düzenlemesinde yer alan altta yatan biyolojik fonksiyonlarını içeren daha ayrıntılı araştırmalar gereklidir. Yapılacak bu projede SARS-CoV-2 enfeksiyonu sonucu oluşabilecek olası viral miRNA'ları doğrulamak için in vitro ve in siliko çalışmalar gerçekleştirilecektir. Bu amaçla, önerilen proje kapsamında hafif, orta ve ağır seyirli COVID19 tanısı konmuş toplam 6 hastanın kan örneğinden miRNA izalosyonu yapılacak ve yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi ile dizi bilgisi elde edilecektir. Elde edilen ham veriler, biyoinformatik yaklaşımlarla analiz edilecektir. Olası viral miRNA'ların hasta kanlarındaki validasyonu sonrası, ayrıca 60 hastadan (hafif, orta ve ağır seyreden) alınan kan örnekleri ile valide olan viral miRNA'ların ifade düzeyleri kantitatif Real-Time PCR kullanılarak tespit edilecektir. Çalışma sonucunda elde edilecek olası viral miRNA'ların yolak analizleri yapılacak ve genler üzerine etkisi tayin edilecektir.