Akademik Veri Yönetim Sistemi
Arslan S., Bakır M. (Yürütücü), Aydemir E. I., Engin A.
TÜBİTAK Projesi, 2017 - 2019
Kırım Kongo Kanamalı
Ateşi (KKKA), özellikle Türkiye başta olmak üzere dünyada en yaygın görülen ve yüksek ateş, baş ağrısı, baş dönmesi, sırt ve karın
ağrısıyla karakterize arboviral, zoonotik bir infeksiyondur. KKKA’nın
etkeni Bunyaviridae ailesinin Nairovirus cinsine ait Kırım Kongo
kanamalı ateşi virüsü (KKKAV)’dür ve Hyalomma cinsindeki kenelerle taşınır. Uzun kodlama yapmayan RNA'lar (lncRNA'lar)
genellikle 200 nükleotitten daha uzun gen ekspresyon düzenleyicileridir. Viral infeksiyonlar lncRNA’ların da içinde
olduğu hücre transkriptomunda güçlü değişiklikler meydana getirir. Enfekte
olmuş hücrelerde eksprese olan bazı lncRNA’lar viral ve konak genlerinin
ekspresyonunu düzenlemede kullanılır. Hücresel lncRNA’ların ekspresyonu
antiviral cevabı değiştirebilir. Bazı lncRNA'lar virüs replikasyonuna yardımcı
olur, sitozolik sürveyanstan kurtulmayı sağlar ve antiviral bağışıklığın
azalmasına neden olurlar. Son yıllarda lncRNA’ların hastalık ilerlemesinde
prognostik belirteçler ve tedaviye yönelik hedefler olabileceği düşünülmektedir. Bizim çalışmamızda dünyada
ilk defa KKKAV ile enfekte olmuş bireylerde mikroarray yöntemi kullanılarak lncRNA gen ekspresyon profilleri araştırılmıştır. Tüm kan örneklerinden PAXgene Blood RNA Kit
kullanılarak total RNA izole
edildi. MirBase Ver 21 (Agilent Teknolojisi) kullanılarak mikroarray analizi
yapıldı. LncRNA ekspresyon sonuçları Genespring (Ver 3.0) kullanılarak analiz
edildi. Bulgularımız 39 adet lncRNA ekspresyonunun kontrol grubuna göre hasta
grubunda istatistiksel olarak anlamlı olduğunu gösterdi. Hasta grubunda 34
lncRNA’nın yukarı yönlü, 5 lncRNA’nın ise aşağı doğru düzenlendiği bulundu.
Ayrıca KKKA hastalığından dolayı ölen bireylerle sağlıklı bireyler
karşılaştrıldığında ise 112 lncRNA ekspresyon değişimi istatistiksel olarak
önemli bulundu. Ölen hastalarda 101 adet lncRNA ekspresyonu aşağı yönlü
düzenlenirken 11 adet lncRNA yukarı yönde ifade olmuştur. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar KKKA patogenezinde
lncRNA’ların rolünü anlamamıza katkı sağlayacaktır. İlaveten, bu çalışmanın
sonuçlarından elde edilecek verilerin, gelecekte lncRNA’ların kullanımıyla KKKA
infeksiyonuna karşı lncRNA’ya antisens
ya da lncRNA benzeri oligonükleotit temelli tedavi geliştirilmesi için
bir veri kaynağı olması mümkündür