İnsanların bağırsak mikrobiyotasında bulunan genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz enzim ve klon tiplerinin araştırılması

Tez Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tez Danışmanı: Prof. Dr. Atifet Yasemin Öztop

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: Türkçe

Özet:

Bu çalışmada, insanların bağırsak mikrobiyotasındaki genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli suşlarının izole edilmesi, izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları, GSBL gen tipleri, klonal ilişkilerinin araştırılması ve E.coli ST131 klonunun belirlenmesi amaçlandı.

Toplam 50 gönüllü katılımcının dışkı örneklerinden üretilen GSBL pozitif izolatlar çalışmaya alındı. İzolatlar konvansiyonel yöntemler ve MALDI-TOFF MS (matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry) ile tanımlandı. GSBL üretimi kombine disk yöntemiyle doğrulandı. Antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon yöntemiyle yapıldı ve European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) kriterlerine göre değerlendirildi. İzolatların klonal ilişkileri enterobacterial repetitive intergenic consensus polymerase chain reaction (ERIC PCR) ile belirlendi. Bazı beta laktamaz genleri (bla_TEM, bla_SHV,bla_CTX-M,bla_OXA,bla_PER,bla_VEB,bla_GES) ve E.coli ST131 klonu PCR yöntemiyle araştırıldı. Ayrıca, 10 izolat multilocus sequence typing (MLST) ile tiplendirildi.

Bu çalışmada GSBL üreten E.coli fekal taşıyıcılık oranı %31,05 (161'de 50) olarak bulundu. GSBL üreten izolatların ampisiline, seftazidime, sefotaksime, seftriaksona, amoksisilin-klavulanik asite, aztreonama, sefepime, trimetoprim/sulfametoksazole, piperasilin tazobaktama, sefoksitine, siprofloksasine, gentamisine, amikasine, ertapeneme direnç oranları sırasıyla, %100, %94, %92, %82, %78, %76, %68, %58, %42, %40, %38, %14, %6, %4’dü. İzolatların tümü imipeneme ve meropeneme duyarlı bulundu. PCR sonuçlarına göre TEM %82 ile en yaygın beta-laktamaz enzimi olurken, bunu %68 ile CTX-M ve %10 ile OXA enzimi izledi. ERIC PCR profillerine göre 50 izolat 30 kümeye ayrıldı. Toplam 50 izolatın 5’inin PCR ile ST131 klonundan olduğu bulundu ve bu izolatlar MLST analiziyle de ST131 olarak saptandı. Ayrıca MLST analizi yapılan diğer 5 suşun sekans tipleri ST10, ST34, ST349, ST6834 ve ST8712 olarak belirlendi.

Bu çalışmada GSBL üreten E.coli taşıyıcılık oranının yüksek olduğu, izolatların klonal çeşitliliğe sahip olduğu ve ST131 pandemik klonunun bulunduğu gösterildi.