Bombus terrestris (Hymenoptera: Apocrita: Apidae) türünde globin geni üzerine biyoinformatik araştırmalar

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: HABEŞ BİLAL AYDEMİR

Danışman: ERTAN MAHİR KORKMAZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Böcekler her ekosistemde hayatta kalmayı başarmış bir canlı grubudur.Böceklerin deniz seviyesinin birkaç bin metre altından birkaç bin metre yükseğine kadar yaşayabiliyor olmaları oksijen taşınmasında ve/veya depolanmasında görevli bir globin proteinin varlığını düşündürmektedir.Bazı böcek takımlarında yapılan globin geni karakterizasyonu ve genin ifade profili çalışmaları fonksiyonel olarak globin geninin solunum, termoregülasyon, oksijen depolama ve zararlı oksijen türevi bileşiklerin detoksifikasyonu gibi mekanizmalarda rol aldığını göstermiştir. Ekolojik ve ekonomik açıdan önemli olan Bombus terrestris (Hymenoptera: Apidae: Bombinae), yüksek ve düşük rakımlı habitatlarda geniş bir yayılış gösteren bir türdür. Yükselti ve sıcaklık açısından farklı lokalitelerde yaşayabilmekte ve iyi uçucu olmaları Bombus türünde oksijen depolama mekanizmalarının olabileceğine işaret etmektedir. Bu çalışmada RNA ve DNA tabanlı analizler sonucunda B. terrestris' te fonksiyonel olarak bulunan ifade edilen bir globin geninin varlığı öngörülmüştür. B. terrestris globin geninin açık okuma çerçevesi, amino asit dizisi, 5` ve 3` RACE Sistem ile genin 5`ve 3` ucundaki kodlama yapmayan olası kontrol bölgeleri, transkriptin olası sekonder ve üçüncül yapılarının tahminleri ile gen karakterizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Ekspresyon profillerine bakılarak abdomen(ct=32,72), malpigi tüpü (ct=33,28), testislerde (ct=35,88) ifade edildiği ve olası işlevi hakkında bulgular elde edilmiştir. Veri tabanlarındaki mevcut globin dizileriyle karşılaştırmaları yapılarak nükleotid ve amino asit dizileri üzerinden karakterizasyon çalışmaları tamamlanmıştır. Bütün analizler sonucunda sitoplazmada lokalize olan Protoporfirin IX halkaya sahip bir globin protein olabileceği ve B.terrestris türünün malpigi tüpü, testis gibi dokularda oksijen depolanmasında görev alan sitozolik bir protein olabileceği öngörülmüştür.