Blaptica dubia (SERVILLE, 1838) (BLATTIDAE, BLABERINAE) TÜRÜNDE GERÇEK ZAMANLI RT-QPCR NORMALİZASYONU İÇİN ENDOJEN REFERANS GENLERİN TANIMLANMASI VE EKSPRESYON STABİLİTESİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EMİN UFUK KARAKAŞ
Danışman: Şeyda Berk
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Blaptica dubia (Serville, 1838) blaberidae ailesine ait Blaptica cinsi bir böcek türüdür. Bu böcek türü genellikle Dubia hamamböceği, Guyana benekli hamam böceği veya turuncu benekli hamam böceği olarak bilinmektedir. Blaptica dubia (B. dubia) Kosta Rika'dan başlayarak Orta ve Güney Amerika'da bulunmaktadır. Fransız Guyanası ve Brezilya'dan Arjantin'e kadar yaygındır. Gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) gen ekspresyonunu ölçmek için en güçlü ve en güvenilir tekniklerden biridir. Gen ekspresyon analizindeki duyarlılığı, doğruluğu ve tekrarlanabilirliği nedeniyle yaygın olarak kullanılmaktadır. İyi bir qPCR analizinin merkezinde doğru yapılmış normalizasyon işlemi bulunmaktadır; aynı zamanda bu analiz izolasyon, ters transkripsiyon ve amplifikasyonun verimliliğindeki mevcut değişiklikleri gözlemleme imkanı sunmaktadır. Bu sayede farklı örnekler arasındaki mRNA konsantrasyonlarının karşılaştırılmasına olanak sağlamaktadır. Doğru ve güvenilir normalizasyon sonuçları kararlı referans genlerin kullanımına bağlıdır. Bununla birlikte yaygın olarak kullanılan bazı referans genlerinin ekspresyonu farklı deneysel çalışmalarda değişiklik gösterebilmektedir. Referans genler, genel olarak tüm hücrelerde evrensel olarak ifade edilen ve ürünleri Actin, Tubulin, EF1-α (Uzama faktörü 1-alfa) ve GADPH (Gliseraldehit-3-fosfat) gibi hücre yapısı veya bazal metabolizma için gerekli temel genler olarak bilinmektedir. Bu çalışmada, B. dubia hamamböceğinin ergin bireylerinde seçilmiş housekeeping genlerinin (GADPH, RPS18, α-TUB, EF1α, ArgK ve ACTB) ekspresyon stabilitesini değerlendirmek amacıyla beş farklı algoritma (ΔCt yöntemi, geNorm, Bestkeeper, Normfinder ve RefFinder) kullanılarak validasyon çalışması yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre çalışmada yer alan altı housekeping gen arasında GADPH en kararlı housekeping gen olarak belirlenmiştir. Aynı zamanda RPS18 GeNorm ve BestKeeeper algoritmaları tarafından en kararlı gen olarak önerilmiştir. ACTB'nin tüm algoritmalar arasında en az seviyede kararlı olduğu gösterilmiştir. Sonuçlar, beş algoritmaya göre GADPH ve RPS18 genlerinin, B. dubia ergin bireylerinde transkript seviyelerinin normalizasyonu için kullanılabileceğini, ACTB'nin ise B. dubia hamamböceğinin transkript seviyelerinin normalizasyonu için uygun olmadığını göstermiştir.