Pancrustacea mitogenomunda korunmuş "WHWGHTW" motifinin mitokondriyal transkripsiyondaki olası rolünün araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: MERVE NUR AYDEMİR

Danışman: ERTAN MAHİR KORKMAZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Mitokondriyal transkripsiyon, hem yolakta görevli proteinlerinin, hem de mtDNA' nın kodlama kapasitesinin anlaşılması açısından artan bir ilgiyle çalışılmaktadır. İşlevsel proteinlerin özellikle replikasyon ve translasyon süreçlerinde de fonksiyonel olduğu, mtDNA' nın ise bilinen 37 gene ek olarak OXPHOS' ta görevli olmayan genler kodladığı rapor edildikten sonra mitokondriyal transkripsiyonun düşünülenden daha karmaşık olduğu anlaşılmıştır. Bu çalışmada, Pancrustacea alt şubesini temsilen 5 türde mitokondriyal transkripsiyon örüntüleri araştırılmıştır. Özellikle nd4L- trnT arasında konumlanmış intergenik bölgenin transkripsiyondaki olası görevi, daha genel olarak ise mitokondriyal poliadenilasyon profilleri biyoinformatik olarak araştırılmıştır. Bununla birlikte mitokondriyal transkripsiyonda görevli iki transkripsiyon faktörünün bu alt şubedeki nükleotid ve aminoasit dizileri de açıklanmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, monosistronik gen birimlerinden sonra gen ile takip eden intergenik bölgelerin de en azından bir kısmını içeren transkriptlerin en yüksek transkript temsiline sahip olduğu bulunmuştur. Bu bulgu özelikle nd4L- trnT arasındaki intergenik bölgenin transkripsiyondaki rolünü desteklemektedir. Daha genel olarak ise, her bir genin daha uzun ve/ veya daha kısa formlarını içeren transkriptlerin varsayıldığı; bunların da UTR, fonksiyonel kodlama yapmayan RNA ve farklı ORF varlıklarına işaret ettiği düşünülmüştür. Mitogenomun hem sense hem de antisense olarak ifadelendiği ve gen ekspresyon düzeylerinin genler ve türler arasında oldukça değişken olduğu da saptanmıştır.