Prof.Dr. MAHİR BUDAK

Yayın Ağı

SCI, SSCI ve AHCI İndekslerine Giren Dergilerde Yayınlanan Makaleler

Comparative genomics of the Neodiprion sertifer nucleopolyhedrovirus from Turkey with the fewest ORFs among baculoviruses

Doğan Ö., Budak M., Salman M. Ş., Korkmaz E. M.

Virus Genes , cilt.60, sa.2, ss.194-207, 2024 (SCI-Expanded)

DYSREGULATED LEUKOTRIENE METABOLISM IN COVID-19 PATIENTS.

Doğan H. O., Budak M., Doğan K., Zararsız G. E., Yerlitaş S. İ., Bolat S., et al.

Japanese journal of infectious diseases , 2023 (SCI-Expanded)

Mitogenome evolution in Trichoderma afroharzianum strains: for a better understanding of distinguishing genus.

Özkale E., Doğan Ö., Budak M., Korkmaz E. M.

Genome , 2023 (SCI-Expanded)

Trichoderma atroviride suppresses Fusarium graminearum by altering primary and secondary metabolite biosynthesis profiling

Özkale E., Yörük E., BUDAK M., KORKMAZ E. M.

Plant Pathology , cilt.72, sa.8, ss.1428-1441, 2023 (SCI-Expanded)

Mitochondrial genome of Poecilimon cretensis (Orthoptera: Tettigoniidae: Phaneropterinae): Strong phylogenetic signals in gene overlapping regions

Karakaş M. Y., Yahyaoğlu Ö., Uluar O., Budak M., Çiplak B.

Zootaxa , cilt.5263, sa.1, ss.141-147, 2023 (SCI-Expanded)

Identification of odorant receptor protein genes in two Cephid stem borers (Hymenoptera: Cephidae) by high-throughput sequencing1 İki Cephid sap arısında (Hymenoptera: Cephidae) koku reseptör protein genlerinin yüksek verimli dizileme ile tanımlanması

BUDAK M.

Turkiye Entomoloji Dergisi , cilt.47, sa.3, ss.307-316, 2023 (SCI-Expanded)

A novel, conserved and possibly functional motif “WHWGHTW” in mitochondrial transcription across Bilateria

Aydemir M. N., Aydemir H. B., Budak M., Kızıltepe B., Şafak Çelebi M., Korkmaz E. M., et al.

Mitochondrion , cilt.68, ss.72-80, 2023 (SCI-Expanded)

The complete mitochondrial genome sequence of Pachycephus smyrnensis Stein, 1876 (Hymenoptera: Cephidae) with phylogenetic analysis

Liu M., Xu M., Zejian L., BUDAK M., Wei M., Liu L.

Mitochondrial DNA Part B: Resources , cilt.8, sa.9, ss.1012-1015, 2023 (SCI-Expanded)

Phylogenomic Analyses of the Tenthredinoidea Support the Familial Rank of Athaliidae (Insecta, Tenthredinoidea)

Niu G., Budak M., Korkmaz E. M., Doğan Ö., Nel A., Wan S., et al.

Insects , cilt.13, sa.10, 2022 (SCI-Expanded)

The complete mitochondrial genome of Talpa martinorum (Mammalia: Talpidae), a mole species endemic to Thrace: genome content and phylogenetic considerations

Demirtas S., Budak M., Korkmaz E. M., Searle J. B., Bilton D. T., Gunduz I.

GENETICA , cilt.150, sa.5, ss.317-325, 2022 (SCI-Expanded)

Characterization and taxonomic utility of ITS2 in Dolerus Panzer, 1801 (Hymenoptera: Tenthredinidae)1 Dolerus Panzer, 1801 (Hymenoptera: Tenthredinidae) cinsinde ITS2'nin karakterizasyonu ve taksonomik kullanımı

Gülmez M., BUDAK M., KORKMAZ E. M., HASTAOĞLU ÖRGEN S., BAŞIBÜYÜK H. H.

Turkiye Entomoloji Dergisi , cilt.46, sa.1, ss.13-23, 2022 (SCI-Expanded)

Mitochondrial Phylogenomics of Tenthredinidae (Hymenoptera: Tenthredinoidea) Supports the Monophyly of Megabelesesinae as a Subfamily

Niu G., Jiang S., DOĞAN Ö., KORKMAZ E. M., BUDAK M., Wu D., et al.

INSECTS , cilt.12, sa.6, 2021 (SCI-Expanded)

Witnessing evolution of SARS-CoV-2 through comparative phylogenomics: The proximate origin time estimated to be September 2019

Doğan Ö., Korkmaz E. M., Budak M.

INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , cilt.162, ss.1-10, 2020 (SCI-Expanded) Sürdürülebilir Kalkınma

The first mitogenomes of the superfamily Pamphilioidea (Hymenoptera: Symphyta): Mitogenome architecture and phylogenetic inference

Niu G., Korkmaz E. M., Doğan Ö., Zhang Y., Aydemir M. N., Budak M., et al.

INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , cilt.124, ss.185-199, 2019 (SCI-Expanded)

Mitogenome organization and evolutionary history of the subfamily Cephinae (Hymenoptera: Cephidae)

Korkmaz E. M., Doğan Ö., Durel B. S., Altun B. T., Budak M., Başıbüyük H. H.

SYSTEMATIC ENTOMOLOGY , cilt.43, ss.606-618, 2018 (SCI-Expanded)

Trachelus stipa (Hymenoptera: Cephidae), a new stem sawfly from Central Anatolia associated with feather grass (Stipa holosericea, Poaceae)

BUDAK M., Blank S. M., BAŞIBÜYÜK H. H.

ZOOTAXA , cilt.4277, sa.1, ss.99-110, 2017 (SCI-Expanded)

Mitogenome evolution in Cephini (Hymenoptera: Cephidae): Evidence for parallel adaptive evolution

Korkmaz E. M., Aydemir H. B., Temel B., Budak M., Başıbüyük H. H.

BIOCHEMICAL SYSTEMATICS AND ECOLOGY , cilt.71, ss.137-146, 2017 (SCI-Expanded)

The characterisation and taxonomic utility of ITS2 in Tenthredopsis Costa, 1859 (Tenthredinidae: Hymenoptera) with some new records from Turkey

Budak M., Güler M., Korkmaz E. M., Hastaoğlu Örgen S., Başıbüyük H. H.

BIOCHEMICAL SYSTEMATICS AND ECOLOGY , cilt.66, ss.76-85, 2016 (SCI-Expanded)

The complete mitogenomes of Calameuta filiformis (Eversmann, 1847) and Calameuta idolon (Rossi, 1794) (Hymenoptera: Cephidae): The remarkable features of the elongated A plus T rich region in Cephini

Korkmaz E. M., Budak M., Ordek M. N., Başıbüyük H. H.

GENE , cilt.576, ss.404-411, 2016 (SCI-Expanded)

Two nearly complete mitogenomes of wheat stem borers, Cephus pygmeus (L.) and Cephus sareptanus Dovnar-Zapolskij (Hymenoptera: Cephidae): An unusual elongation of rrnS gene

Korkmaz E. M., Doğan Ö., Budak M., Başıbüyük H. H.

GENE , cilt.558, ss.254-264, 2015 (SCI-Expanded)

A molecular phylogeny of the Cephinae (Hymenoptera, Cephidae) based on mtDNA COI gene: a test of traditional classification

Budak M., Korkmaz E. M., Başıbüyük H. H.

ZOOKEYS , ss.363-378, 2011 (SCI-Expanded)

Utilization of cytochrome oxidase I in Cephus pygmeus (L.) (Hymenoptera: Cephidae)

Korkmaz E. M., Budak M., Başıbüyük H. H.

TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY , cilt.35, ss.713-726, 2011 (SCI-Expanded)

New records and a checklist of Cephidae (Hymenoptera: Insecta) of Turkey with a short biogeographical consideration

Korkmaz E. M., Budak M., Hastaoğlu Örgen S., Bağda E., Gencer L., Ülgentürk S., et al.

TURKISH JOURNAL OF ZOOLOGY , cilt.34, ss.203-211, 2010 (SCI-Expanded)

Sulfotransferase 1A1 (SULT1A1) polymorphism and susceptibility to primary brain tumors

Bardakci F., Arslan S., Bardakci S., Binatli A. O., Budak M.

JOURNAL OF CANCER RESEARCH AND CLINICAL ONCOLOGY , cilt.134, sa.1, ss.109-114, 2008 (SCI-Expanded)

Diğer Dergilerde Yayınlanan Makaleler

Determination of the Optimum Number of Short Reads to Obtain the Mitogenome in some Insect Orders

Budak M.

Cumhuriyet Science Journal , cilt.44, sa.1, ss.36-40, 2023 (Hakemli Dergi)

Molecular and morphological assessment of the snake-eyed lizard, Ophisops elegans Menetries, 1832 (Sauria, Lacertidae) in Anatolia

Bozkurt E., Korkmaz E. M., Ilgaz Ç., Yılmaz C., Üzüm N., Avcı A., et al.

BIHAREAN BIOLOGIST , cilt.16, sa.2, ss.98-112, 2022 (Scopus)

Computationally predicted SARS-COV-2 encoded microRNAs target NFKB, JAK/STAT and TGFB signaling pathways

Aydemir M. N., Aydemir H. B., KORKMAZ E. M., BUDAK M., ÇEKİN N., PINARBAŞI E.

GENE REPORTS , cilt.22, 2021 (ESCI) Sürdürülebilir Kalkınma

Witnessing Evolution of SARS-CoV-2 through Comparative Phylogenomics: The Proximate Origin is Guangdong, not Wuhan

DOĞAN Ö., KORKMAZ E. M., BUDAK M., ÇIPLAK B., BAŞIBÜYÜK H. H.

preprint , 2020 (Hakemsiz Dergi)

GSTM1 Polimorfizmi İle Primer Beyin Tümörleri Arasındaki İlişkinin Araştırılması

ARSLAN S., BUDAK M., SAMİ B.

C.Ü. Fen-Edebiyat Fakültesi, Fen Bilimleri Dergisi , cilt.26, sa.1, ss.1-10, 2005 (Hakemli Dergi)

Hakemli Kongre / Sempozyum Bildiri Kitaplarında Yer Alan Yayınlar

Böceklerde Mitogenom Transkripsiyonun Araştırılması: Eş Zamanlı Monosistronik Birimlere Dönüşme

Korkmaz E. M., Budak M.

3RD INTERNATIONAL BLACK SEA MODERN SCIENTIFIC RESEARCH, Samsun, Türkiye, 23 - 24 Mart 2023, ss.620-626

Xiphydria prolongata odun yaban arısında bağırsak bakteri florasının karakterizasyonu

Budak M., Korkmaz E. M.

2nd International Conference on Scientific and Academic Research, Konya, Türkiye, 14 - 16 Mart 2023, cilt.1, ss.357-360

Importance of Bioinformatics in Cancer

BUDAK M.

1. INTERNATIONAL CANCER DAYS (1ST ICD), Sivas, Türkiye, 19 - 21 Eylül 2019 Sürdürülebilir Kalkınma

A new putatave transcription termination signal which interact transcription termination factors in Ecdysozoa

AYDEMİR M. N., AYDEMİR H. B., BUDAK M., KORKMAZ E. M., BAŞIBÜYÜK H. H.

EEBST 2018, 18 - 20 Temmuz 2018

Identification of differentially expressed sense and antisense transcripts in mitochondrial genes of Syrista pareyyssi (Hymenoptera: Cephidae)

AYDEMİR H. B., AYDEMİR M. N., YANGIN S., BUDAK M., KORKMAZ E. M., BAŞIBÜYÜK H. H.

5. Ecology and Evolutionary Biology Symposium, İzmir, Türkiye, 18 - 20 Temmuz 2018

Biyoçeşitlilik Araştırmalarında İkili DNA Barkodlama Yaklaşımı: Bazı Böcek Takımlarında Etkinliğinin Sınanması / The BinaryDNA Barcoding Approach in Biodiversity Researches: Testing Its Efficiency in Some Insect Orders

KORKMAZ E. M., BUDAK M., BAŞIBÜYÜK H. H.

XIII. Uluslararası Katılımlı Ekoloji ve Çevre Kongresi, 12 Eylül - 15 Aralık 2017 Sürdürülebilir Kalkınma

Macropya Dahlbom, 1835 ve Dolerus Panzer, 1801 (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Cinslerinde İkili DNA Barkodlama Uygulaması / Application of the Binary DNA Barcoding in the Genera of Macrophya Dahlbom, 1835 and Dolerus Panzer, 1801 (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae)

HASTAOĞLU ÖRGEN S., BUDAK M., KORKMAZ E. M., BAŞIBÜYÜK H. H.

XIII. Uluslararası Katılımlı Ekoloji ve Çevre Kongresi, 12 - 15 Eylül 2017

ITS2’nin Tahmini İkincil Yapısının Karakterizasyonu ve Bazı Böcek Takımlarında Taksonomik Açıdan Kullanışlılığı / The Characterisation of Putative Secondary Structure of ITS2 and Its Taxonomical Utility in Some Insect Orders

KORKMAZ E. M., BUDAK M., DOĞAN Ö., BAŞIBÜYÜK H. H.

XIII. Uluslararası Katılımlı Ekoloji ve Çevre Kongresi, 12 Eylül - 15 Aralık 2017

Hymenoptera (Insecta) Takımında Ribozomal ITS2 Bölgesinin Karakterizasyonu / Characterisation of the Ribosomal ITS2 Region in Order Hymenopter (Insecta)

BAŞIBÜYÜK H. H., DOĞAN Ö., BUDAK M., KORKMAZ E. M.

XIII. Uluslararası Katılımlı Ekoloji ve Çevre Kongresi, 12 - 15 Eylül 2017

Orthoptera (Insecta) Takımında COI-tabanlı DNA Barkodlama Yönteminin Taksonomik Kullanışlılığı / Taxonomical Utility of COI-based DNA Barcoding Method in Order Orthoptera (Insecta)

DOĞAN Ö., BUDAK M., KORKMAZ E. M., ÇIPLAK B., BAŞIBÜYÜK H. H.

XIII. Uluslararası Katılımlı Ekoloji ve Çevre Kongresi, 12 - 15 Eylül 2017

“Macropya Dahlbom, 1835 ve Dolerus Panzer, 1801 (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Cinslerinde İkili DNA Barkodlama Uygulaması”

Hastaoğlu Örgen S., Başıbüyük H. H., Budak M., Korkmaz E. M.

XIII. Uluslararası Katılımlı Ekoloji ve Çevre Kongresi UKECEK 2017, Edirne, Türkiye, 03 Eylül 2017

Differences of mitochondrial rRNA genes secondary structure prediction in Hymenoptera order

AYDEMİR H. B., AYDEMİR M. N., DUREL B. S., BUDAK M., BAŞIBÜYÜK H. H., ÇELEBİ M. Ş., et al.

3rd Ecology and Evolutionary Biology Symposium (EEBST2016), 31 Ağustos - 01 Eylül 2016

Evidence of relaxed selection in evolution of mitogenome for holometabolous insects

AYDEMİR M. N., AYDEMİR H. B., DUREL B. S., BUDAK M., BAŞIBÜYÜK H. H., KORKMAZ E. M.

3rd Ecology and Evolutionary Biology Symposium (EEBST 2016), 31 Ağustos - 01 Eylül 2016

Characterization of the mitochondrial genome of Syrista parreyssi and Hartigia linearis

AYDEMİR H. B., DUREL B. S., AYDEMİR M. N., BUDAK M., KORKMAZ E. M., BAŞIBÜYÜK H. H.

3rd Ecology and Evolutionary Biology Symposium (EEBST 2016), 31 Ağustos - 01 Eylül 2016

Effect of altitude related ecological factors on mitochondrial ND6 and ATP8 genes in Anatolian Cephus pygmeus Cephidae Hymenoptera populations

DUREL B. S., AYDEMİR M. N., AYDEMİR H. B., BAŞIBÜYÜK H. H., KORKMAZ E. M., BUDAK M.

3rd Ecology and Evolutionary Biology Symposium (EEBST 2016), 31 Ağustos - 01 Eylül 2016

Genetic structuring and diversification of Bombus lapidarius Linnaeus 1758 Bombinae Apidae the role of Anatolia as a glacial refugium

TEMEL B., KORKMAZ E. M., BUDAK M., BAŞIBÜYÜK H. H.

Second Symposium on Euroasian Biodiversity, SEAB-2016, 23 - 27 Mayıs 2016

The Utility of Compensatory Base Changes CBCs of ITS2 in Species Delimitation A Case Study in Symphyta Hymenoptera Insecta

GÜLER M., BUDAK M., KORKMAZ E. M., ÇIPLAK B., BAŞIBÜYÜK H. H.

Second Symposium on EuroAsian Biodiversity (SEAB-2016), 23 - 27 Mayıs 2016

A test on barcoding power of two molecular markers the utility of COI and ITS2 in insect

BUDAK M., KORKMAZ E. M., KAYDAN M. B., BAŞIBÜYÜK H. H.

Second Symposium on EuroAsian Biodiversity (SEAB-2016), Antalya, Türkiye, 23 - 27 Mayıs 2016

The complete mitogenome in Corynis lateralis Hymenoptera Cimbicidae

DOĞAN Ö., TEMEL B., AYDEMİR H. B., BUDAK M., KORKMAZ E. M., BAŞIBÜYÜK H. H.

II. Ecology and Evolutionary Biology Symposium, Ankara, Türkiye, 6 - 07 Ağustos 2015

The mitogenome characteristics of Cephini Hymenoptera Cephidae with particular reference to tRNA and rRNA like sequences

KORKMAZ E. M., BUDAK M., DOĞAN Ö., BAŞIBÜYÜK H. H.

4th International Entomophagous Insects Conference (IEIC4), 4 - 09 Ekim 2015

Utilisation of Internal Transcribed Spacer 2 ITS2 in Coleoptera Insecta A case study on the darkling beetles

BUDAK M., KORKMAZ E. M., PEKTAŞ A., KESKİN B., BAŞIBÜYÜK H. H.

4th International Entomophagous Insects Conference (IEIC4), 4 - 09 Ekim 2015

Identification of Tenthredopsis Hymenoptera Symphyta species based on predicted ITS2 secondary structure

BUDAK M., GÜLER M., FİLİZ T., HASTAOĞLU ÖRGEN S., BAŞIBÜYÜK H. H., KORKMAZ E. M.

II. Ecology and Evolutionary Biology Symposium, 6 - 07 Ağustos 2015